O kościele w Brzeziu pisał już w 1215 roku Jan Długosz. Kościół zbudowany był w miejscu zwanym De Sanel (Uwaga! Informacja ta jest nieścisła. Zgodnie z informacjami, do których dotarło Koło Młosników Historii Regionalnej miejsce nosiło nazwę Sancto i tutaj nazwa nieczytelna, prawdopodobnie imię Mikołaj). Przez kilkadziesiąt lat w okresie XVI - XVII w na terenie Brzezia istniał także zbór ariański.
Z ocalałych dokumentów pochodzących z roku 1595 wiemy, że pierwszy kościół w Brzeziu (drewniany) był pod wezwaniem św. Mikołaja - biskupa. (W tym samym okresie istniała także kaplica w Gruszkach, która przetrwała prawie do końca XIX w.) Ten drewniany kościółek istniejący jeszcze przed 1440 rokiem uległ całkowitemu zniszczeniu na początku XIX w, a w 1837 roku na jego miejscu wybudowano nową, także drewnianą świątynię.
W 1890 roku do kościoła parafialnego przeniesiono słynący z łask obraz z kaplicy w Gruszkach. Wówczas Kościół parafialny uzyskał drugi ołtarz oraz odpust pod wezwaniem Przemienienia Pańskiego.
W XV wieku do parafii należały następujące wsie: Dąbrowa, Szczytniki, Górki, Szarów, Czyżów, Łysokanie, Surówki, Słomiróg, Zborczyce, Suchoraba, Świątniki, Gruszki.
W tym okresie istniała w Brzeziu szkółka parafialna zatrudniająca nauczyciela. Właścicielami wsi byli przez ten okres Lanckorońscy oraz Żeleńscy. W 1900 roku zbudowano nową plebanię, w 1906 wikarówkę , a w 1912 organistówkę. W okresie I wojny światowej podczas ostrzału , poważniejszemu zniszczeniu uległ kościół, dzwonnica i inne niedawno wybudowane budynki. W 1924 r ks proboszcz Jan Korcz rozpoczął budować nowy kościół. W stanie surowym istniał on już w 1928 roku, a konsekracji w 1974 dokonał Arcybiskup Karol Wojtyła. Obecny kościół (zbudowany wg projektu Franciszka Mączyńskiego) jest wzorowany na kościele św. Krzyża w Krakowie. W świątyni zobaczymy posąg św Jana Chrzciciela z XVI w oraz XVI wieczny obraz "Przemienienia Pańskiego". W parafii pracowało wielu księży. Wielu z nich wpisało się do pamięci wiernych między innymi ks. kanonik Jan Szybowski - nazwany przez Kardynała Stefana Sapiehę "najlepszym kaznodzieją na Podhalu". Obecnie w skład parafii wchodzą wsie: Brzezie, Gruszki, Podlas, Szczytniki, Świątniki, Czyżów, Suchoraba, Zborczyce, Surówki, Grodkowice, Łysokanie. Obok kościoła znajduje się klasycystyczny grobowiec - mauzoleum Żeleńskich z 1903 roku. Do parafii należy także cmentarz z kwaterą grobów z okresu I wojny światowej oraz nielicznymi starymi zniszczonymi nagrobkami z XIX, XX oraz obecnymi.
Do 2022 roku parafią kierował ks. Stanisław Maroszek.
W obecnej funkcję proboszcza pełni ks. proboszcz Piotr Grzesik.